AT5G64070.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.649 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidylinositol 4-OH kinase beta1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a phosphatidylinositol 4-OH kinase, PI-4Kbeta1. Arabidopsis contains 12 PI-4Ks in three separate families: PI-4Kalphs, PI-4kbeta, and PI-4Kgamma. PI-4Kbeta1 is 83% identical to PI-4kbeta2 encoded by At5g09350. Interacts with the RabA4b GTPase. Important for polarized root hair growth as the loss of this gene and its close relative PI-4kbeta2, leads to the formation of abnormal root hairs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidylinositol 4-OH kinase beta1 (PI-4KBETA1); FUNCTIONS IN: 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity; INVOLVED IN: phosphoinositide biosynthetic process, root hair cell tip growth, pollen tube growth; LOCATED IN: cytosol, nucleus, membrane; EXPRESSED IN: male gametophyte, root hair tip, cultured cell, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic (InterPro:IPR000403), Phosphatidylinositol Kinase (InterPro:IPR015433), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site (InterPro:IPR018936), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidylinositol 4-OH kinase beta2 (TAIR:AT5G09350.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25637492..25643902 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 126381.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1121 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MPMGRFLSLV RGDSAESPRE ITSQSNIIGD TGSNGWLIRF FDSAFFCEWI AVSYLYKHPH AGVRDYLCNR MYTLPLSGIE SYLFQICYMM VHKPSPSLDK 0101: FVIDICGKSL KIALKVHWFL LAELEDADDN EGISRIQEKC QIAATLMGEW SPLMRPQNEV STPGSKNQVL NRLLSSKQKL FSLKLSPPTQ KSLSFSPSPG 0201: TNVQDDGSQL PAEDNKIFKK LIPSPKVRDA LMFRKSADKD DEESEKEGFF KRLLRDSKGE GDEPIPNSEG FFKRLLKDNK SEDEDITNSS EGFFKRLLSS 0301: KGESEELTSS SDGLFKRLLR DNKGDEEELG ANSDSFFKRL LRESKNEDEE SNPNSEGFFK KLFRDSKPED DKVPKEVDDE DKDGFLKKLF REKNDDKRHG 0401: SEKNEANGTV YADKKSGEED EREGFFKKFF KEKSDDKKDI VKVDDGNESE GDESPEFSLF KRLFRIHPED AKPTSENENS SNGLVESSPG TENFFRKLFR 0501: DRDQSVEDSE LFGSKKHKEK RPGSPKQRDD TPSGKPPLPN NTASQFRKGA YHESLEFVQA LCETSYGLVD IFPIEDRKIG LRESLAEINF HLSEAEITGG 0601: ICFPMGRGVF RVVHIPEDEC ILLNSREKAP YMISVEVLKA ETPSAKESSN SQKLSKGGIP LANGDAFLQK PPPWAYPLWT TQEVYRNSAD RMSLSTAQAI 0701: DQAMTPKSEV KVKLVNVSLS VEDRTSALES FGDPIDDVLG EAPRTGLNND LEWVRVVVTA DPGLRMESIP DPSVPRKKEH RRVPSTVAME EVRAAAAKGE 0801: APPGLPLKGA GQDSSDAQPR ANGGMLKEGD ALSGELWEGK RDRIRKASIY GKLPGWDLRS IIVKSGDDCR QEHLAVQLIS HFYDIFQEAG LPLWLRPYEV 0901: LVTSSYTALI ETIPDTASIH SIKSRYPNIT SLRDFFVAKY KENSPSFKLA QRNFVESMAG YSLVCYLLQV KDRHNGNLLL DEEGHIIHID FGFMLSNSPG 1001: GVNFESAPFK LTRELLEVMD SDADGVPSEF FDYFKVLCIQ GFLTCRKHAE RIILLVEMLQ DSGFPCFKGG PRTIQNLRKR FHLSLTEEQC VSLVLSLISS 1101: SLDAWRTRQY DYYQRVLNGI L |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)