AT5G20720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chaperonin 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast co-chaperonin with similarity to CPN21 from spinach, E.coli GroES. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chaperonin 20 (CPN20); FUNCTIONS IN: calmodulin binding, copper ion binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to cold; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chaperonin Cpn10 (InterPro:IPR020818), GroES-like (InterPro:IPR011032), Chaperonin Cpn10, conserved site (InterPro:IPR018369), Chaperonin 21, chloroplast (InterPro:IPR017416), Chaperonin Cpn10, subgroup (InterPro:IPR001476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chaperonin 10 (TAIR:AT1G14980.1); Has 18503 Blast hits to 9472 proteins in 2912 species: Archae - 42; Bacteria - 12669; Metazoa - 631; Fungi - 230; Plants - 426; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 4501 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7015015..7016354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26803.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 253 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATQLTASP VTMSARSLAS LDGLRASSVK FSSLKPGTLR QSQFRRLVVK AASVVAPKYT SIKPLGDRVL VKIKEAEEKT LGGILLPSTA QSKPQGGEVV 101: AVGEGRTIGK NKIDITVPTG AQIIYSKYAG TEVEFNDVKH LILKEDDIVG ILETEDIKDL KPLNDRVFIK VAEAEEKTAG GLLLTETTKE KPSIGTVIAV 201: GPGSLDEEGK ITPLPVSTGS TVLYSKYAGN DFKGKDGSNY IALRASDVMA ILS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)