AT4G24280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast heat shock protein 70-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in protein import into chloroplasts during early developmental stages. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloroplast heat shock protein 70-1 (cpHsc70-1); FUNCTIONS IN: protein binding, ATP binding; INVOLVED IN: protein folding, response to cadmium ion, protein targeting to chloroplast, response to cold; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein 70, conserved site (InterPro:IPR018181), Chaperone DnaK (InterPro:IPR012725), Heat shock protein Hsp70 (InterPro:IPR001023), Heat shock protein 70 (InterPro:IPR013126); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast heat shock protein 70-2 (TAIR:AT5G49910.1); Has 36155 Blast hits to 36031 proteins in 4857 species: Archae - 160; Bacteria - 17964; Metazoa - 3544; Fungi - 1694; Plants - 1235; Viruses - 354; Other Eukaryotes - 11204 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12590094..12593437 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76512.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 718 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSAAQIHV LGGIGFASSS SSKRNLNGKG GTFMPRSAFF GTRTGPFSTP TSAFLRMGTR NGGGASRYAV GPVRVVNEKV VGIDLGTTNS AVAAMEGGKP 101: TIVTNAEGQR TTPSVVAYTK SGDRLVGQIA KRQAVVNPEN TFFSVKRFIG RKMNEVDEES KQVSYRVVRD ENNNVKLECP AINKQFAAEE ISAQVLRKLV 201: DDASRFLNDK VTKAVITVPA YFNDSQRTAT KDAGRIAGLE VLRIINEPTA ASLAYGFDRK ANETILVFDL GGGTFDVSVL EVGDGVFEVL STSGDTHLGG 301: DDFDKRVVDW LAAEFKKDEG IDLLKDKQAL QRLTEAAEKA KIELSSLTQT NMSLPFITAT ADGPKHIETT LTRAKFEELC SDLLDRVRTP VENSLRDAKL 401: SFKDIDEVIL VGGSTRIPAV QELVRKVTGK EPNVTVNPDE VVALGAAVQA GVLAGDVSDI VLLDVTPLSI GLETLGGVMT KIIPRNTTLP TSKSEVFSTA 501: ADGQTSVEIN VLQGEREFVR DNKSLGSFRL DGIPPAPRGV PQIEVKFDID ANGILSVSAV DKGTGKKQDI TITGASTLPK DEVDQMVQEA ERFAKDDKEK 601: RDAIDTKNQA DSVVYQTEKQ LKELGEKIPG EVKEKVEAKL QELKDKIGSG STQEIKDAMA ALNQEVMQIG QSLYNQPGAG GPGAGPSPGG EGASSGDSSS 701: SKGGDGDDVI DADFTDSQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)