AT5G18820.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
Arabidopsis cell culture (peroxisomal marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker) v1
Arabidopsis cell culture (plastidal marker) v2
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP-1/cpn60 chaperonin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 3007 (EMB3007); FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast, cytoplasm; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chaperonin Cpn60/TCP-1 (InterPro:IPR002423), Chaperonin Cpn60 (InterPro:IPR001844); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chaperonin-60alpha (TAIR:AT2G28000.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6271549..6274153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61196.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 575 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFAVSPSSFS PTTISPRRSG QRNEPRKFSV VRAGAKRILY GKDSREKLQA GIDKLADAVS ITLGPRGRNV VLAEKDTIKV INDGVTIAKS IELPDTIENA 101: GATLIQEVAI KMNESAGDGT TTAIILAREM IKAGSLAIAF GANAVSVKNG MNKTVKELVR VLQMKSIPVQ GKNDIKAVAS ISAGNDEFVG NLIAETVEKI 201: GPDGVISIES SSTSETSVIV EEGMKFDKGY MSPHFITNQE KSTVEFDKAK ILVTDQKITS AKELVPLLEK TSQLSVPLLI IAEDISAEVL EILVVNKKQG 301: LINVAVVKCP GMLDGKKALL QDIALMTGAD YLSGDLGMSL MGATSDQLGV SRRVVITANS TTIVADASTK PEIQARIAQM KKDLAETDNS YLSKKIAERI 401: AKLTGGVAVI KVGGHTETEL EDRKLRIEDA KNATFAAMRE GIVPGGGATY IHLLDEIPRI KKNLMEDSYE QIGADIVAMA LTAPAMAIAT NAGVDGSVVV 501: QKTRELEWRS GYNAMSGKYE DLLNAGIADP CRVSRFALQN AVSVAGIILT TQAVLVEKIK QPKPAVPQVP GIPTS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)