AT4G39540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.809 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : shikimate kinase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
shikimate kinase 2 (SK2); FUNCTIONS IN: shikimate kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: aromatic amino acid family biosynthetic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Shikimate kinase (InterPro:IPR000623); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: shikimate kinase 1 (TAIR:AT2G21940.5); Has 7816 Blast hits to 7816 proteins in 2412 species: Archae - 26; Bacteria - 5492; Metazoa - 45; Fungi - 121; Plants - 162; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1970 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18378561..18380253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33779.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 300 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEAATVQRFQ YSSWNDLRNF EGKPRGSLRY NTQRIKEDKR FRVVALTLDK RRDHRLRSVS DKNSSALLET GSLLHSPFDE EQQILKKKAE EVKPYLNGRS 101: MYLVGMMGSG KTTVGKIMAR SLGYTFFDCD TLIEQAMKGT SVAEIFEHFG ESVFREKETE ALKKLSLMYH QVVVSTGGGA VIRPINWKYM HKGISIWLDV 201: PLEALAHRIA AVGTGSRPLL HDDESGDTYT AALNRLSTIW DARGEAYTKA SARVSLENIT LKLGYRSVSD LTPAEIAIEA FEQVQSYLEK EDGMARPDGL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)