AT4G09140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : MUTL-homologue 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to Mut1 DNA mismatch repair protein, from E.coli. The protein is expressed during prophase I of meiosis, colocalizes with MLH3 throughout pachytene and is dependent on MLH3 for proper localization. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MUTL-homologue 1 (MLH1); FUNCTIONS IN: protein binding, bridging; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nuclear chromatin; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA mismatch repair protein Mlh1 (InterPro:IPR011186), DNA mismatch repair, conserved site (InterPro:IPR014762), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594), DNA mismatch repair protein, C-terminal (InterPro:IPR013507), DNA mismatch repair protein, N-terminal (InterPro:IPR014763), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), DNA mismatch repair protein (InterPro:IPR002099), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA mismatch repair protein, putative (TAIR:AT4G02460.1); Has 6802 Blast hits to 6727 proteins in 2342 species: Archae - 68; Bacteria - 4480; Metazoa - 469; Fungi - 496; Plants - 114; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1175 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:5817107..5821035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 82369.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 737 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIDDSSLTAE MEEEESPATT IVPREPPKIQ RLEESVVNRI AAGEVIQRPV SAVKELVENS LDADSSSISV VVKDGGLKLI QVSDDGHGIR REDLPILCER 101: HTTSKLTKFE DLFSLSSMGF RGEALASMTY VAHVTVTTIT KGQIHGYRVS YRDGVMEHEP KACAAVKGTQ IMVENLFYNM IARRKTLQNS ADDYGKIVDL 201: LSRMAIHYNN VSFSCRKHGA VKADVHSVVS PSRLDSIRSV YGVSVAKNLM KVEVSSCDSS GCTFDMEGFI SNSNYVAKKT ILVLFINDRL VECSALKRAI 301: EIVYAATLPK ASKPFVYMSI NLPREHVDIN IHPTKKEVSL LNQEIIIEMI QSEVEVKLRN ANDTRTFQEQ KVEYIQSTLT SQKSDSPVSQ KPSGQKTQKV 401: PVNKMVRTDS SDPAGRLHAF LQPKPQSLPD KVSSLSVVRS SVRQRRNPKE TADLSSVQEL IAGVDSCCHP GMLETVRNCT YVGMADDVFA LVQYNTHLYL 501: ANVVNLSKEL MYQQTLRRFA HFNAIQLSDP APLSELILLA LKEEDLDPGN DTKDDLKERI AEMNTELLKE KAEMLEEYFS VHIDSSANLS RLPVILDQYT 601: PDMDRVPEFL LCLGNDVEWE DEKSCFQGVS AAIGNFYAMH PPLLPNPSGD GIQFYSKRGE SSQEKSDLEG NVDMEDNLDQ DLLSDAENAW AQREWSIQHV 701: LFPSMRLFLK PPASMASNGT FVKVASLEKL YKIFERC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)