AT3G54980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LATERAL ORGAN JUNCTION (TAIR:AT2G39230.1); Has 66577 Blast hits to 14412 proteins in 313 species: Archae - 5; Bacteria - 80; Metazoa - 1084; Fungi - 1336; Plants - 61678; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2394 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20370293..20372848 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95065.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 851 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSLLVFRKI PSRIRLRNLR NNKPFCSQSQ FPKESENPSQ EQRLLVYGST SEENPVTSKV SLLSAKPEQK DDASVIDVLL NRRNNPEAAL RFYNWARPWR 101: GSFEDGDVFW VLIHILVSSP ETYGRASDLL IRYVSTSNPT PMASVLVSKL VDSAKSFGFE VNSRAFNYLL NAYSKDRQTD HAVDIVNQML ELDVIPFFPY 201: VNRTLSALVQ RNSLTEAKEL YSRMVAIGVD GDNVTTQLLM RASLREEKPA EALEVLSRAI ERGAEPDSLL YSLAVQACCK TLDLAMANSL LREMKEKKLC 301: VPSQETYTSV ILASVKQGNM DDAIRLKDEM LSDGISMNVV AATSLITGHC KNNDLVSALV LFDKMEKEGP SPNSVTFSVL IEWFRKNGEM EKALEFYKKM 401: EVLGLTPSVF HVHTIIQGWL KGQKHEEALK LFDESFETGL ANVFVCNTIL SWLCKQGKTD EATELLSKME SRGIGPNVVS YNNVMLGHCR QKNMDLARIV 501: FSNILEKGLK PNNYTYSILI DGCFRNHDEQ NALEVVNHMT SSNIEVNGVV YQTIINGLCK VGQTSKAREL LANMIEEKRL CVSCMSYNSI IDGFFKEGEM 601: DSAVAAYEEM CGNGISPNVI TYTSLMNGLC KNNRMDQALE MRDEMKNKGV KLDIPAYGAL IDGFCKRSNM ESASALFSEL LEEGLNPSQP IYNSLISGFR 701: NLGNMVAALD LYKKMLKDGL RCDLGTYTTL IDGLLKDGNL ILASELYTEM QAVGLVPDEI IYTVIVNGLS KKGQFVKVVK MFEEMKKNNV TPNVLIYNAV 801: IAGHYREGNL DEAFRLHDEM LDKGILPDGA TFDILVSGQV GNLQPVRAAS L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)