AT3G20630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.945 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ubiquitin-specific protease. Identical to TTN6. Loss of function mutations are embryo lethals, having development arrested at the preglobular/globular stage. Also involved in root responses to phosphate deficiency. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 14 (UBP14); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, UBP-type (InterPro:IPR001607), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal (InterPro:IPR000449), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394), UBA-like (InterPro:IPR009060), Ubiquitinyl hydrolase (InterPro:IPR016652); Has 2045 Blast hits to 1942 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 1042; Fungi - 463; Plants - 217; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 321 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7203001..7208340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88378.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 797 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELLRSNLSR VQIPEPTHRI YKHECCISFD TPRSEGGLFV DMNSFLAFGK DYVSWNYEKT GNPVYLHIKQ TRKSIPEDRP LKKPTLLAIG VDGGFDNNEP 101: EYEESYSIVI LPDFVSLPFP SVELPEKVRI AVDTVVNAVG AERKEQVAAW TAEKKLISEH ALTLQQIKSG IVIPPSGWKC SKCDKTENLW LNLTDGMILC 201: GRKNWDGTGG NNHAVEHYKE TAYPLAVKLG TITADLEAAD VYSYPEDDSV LDPLLAEHLA HFGIDFSSMQ KTEMTTAERE LDQNTNFDWN RIQESGKELV 301: PVFGPGYTGL VNLGNSCYLA ATMQIVFSTH SFISRYFSHQ SLKMAFEMAP ADPTLDLNMQ LTKLGHGLLS GKYSMPATQK DATTGDPRQE GIPPRMFKNV 401: IAASHAEFSS MRQQDALDFF LHLVGKVERA SNTTPDLDPS RSFKFGIEEK ILCPSGKVGY NKREDCILSL NIPLHEATNK DELEAFHKQK AGKGLEENDM 501: RSSDEIVRPR VPLEACLANF ASSEPIEDYY SSALKGMTTA IKTTGLTSFP DYLVLHMRKF VMEEGWVPKK LDVYIDVPDV IDISHMRSKG LQPGEELLPD 601: GVPEEVMESA QPVANEEIVA QLVSMGFSQL HCQKAAINTS NAGVEEAMNW LLSHMDDPDI DAPISHQTSD IDQSSVDTLL SFGFAEDVAR KALKASGGDI 701: EKATDWVFNN PNASVSDMDV SSSNSAQTPA QSGLPDGGGK YKLFGIVSHM GTSVHCGHYV AHILKEGRWV IFNDDKVGIS TDPPKDMGYV YFFQRLD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)