AT2G25900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative Cys3His zinc finger protein (ATCTH) mRNA, complete | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATCTH; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CCCH-type zinc finger family protein (TAIR:AT2G19810.1); Has 796 Blast hits to 771 proteins in 136 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 198; Fungi - 6; Plants - 407; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 185 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:11041817..11042764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35466.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMIGENKNRP HPTIHIPQWD QINDPTATIS SPFSSVNLNS VNDYPHSPSP YLDSFASLFR YLPSNELTND SDSSSGDESS PLTDSFSSDE FRIYEFKIRR 101: CARGRSHDWT ECPFAHPGEK ARRRDPRKFH YSGTACPEFR KGSCRRGDSC EFSHGVFECW LHPSRYRTQP CKDGTSCRRR ICFFAHTTEQ LRVLPCSLDP 201: DLGFFSGLAT SPTSILVSPS FSPPSESPPL SPSTGELIAS MRKMQLNGGG CSWSSPMRSA VRLPFSSSLR PIQAATWPRI REFEIEEAPA MEFVESGKEL 301: RAEMYARLSR ENSLG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)