AT2G17180.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2-like zinc finger protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
C2H2-like zinc finger protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular, chloroplast; EXPRESSED IN: sperm cell, flower; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C2H2-like zinc finger protein (TAIR:AT4G35280.1); Has 4297 Blast hits to 3474 proteins in 111 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3181; Fungi - 0; Plants - 1043; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 73 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:7476835..7477647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29557.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 270 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNTSNSDPN SDIPFASSNV TLPSYNQNPR RKRTKLTNNE VGSSSSSPRP KPVTQPDPDA SQIARPCTEC GKQFGSLKAL FGHMRCHPER QWRGINPPSN 101: FKRRINSNAA SSSSSWDPSE EEHNIASCLL MMANGDVPTR SSEVEERFEC DGCKKVFGSH QALGGHRATH KDVKGCFANK NITEDPPPPP PQEIVDQDKG 201: KSVKLVSGMN HRCNICSRVF SSGQALGGHM RCHWEKDQEE NQVRGIDLNV PAATSSDTTL GCSLDLRLGL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)