AT1G29790.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: Golgi apparatus, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF248, methyltransferase putative (InterPro:IPR004159); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein (TAIR:AT5G40830.2); Has 271 Blast hits to 269 proteins in 18 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 271; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:10430025..10431161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41957.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGFTMSLNL LLLVAMVATN ILSLYHLSST TNFFQSTVKS SQSSVPTVPD HLLRQLHTIR AAINHLTTHQ PDKSTSTSTS RAAVSSSSSS TAPKELLIYS 101: KLSPIASACH NYPDLLHEYM NYTPFSLCPS DTDLVEKLIL RGCHPLPRRR CFSRTPRNPS DSKPESNVLW SYYSCKSFDC LITKFSDLGF DLSLEKSKSQ 201: FSAYKSELDL PISQLLQIAK SANSVLRLGI DVGGGTGSFA AAMKARNVTV LTTTMNFNAP YSEAVAMRGL VPLHVPLQQR LPVFDGVVDL VRCGRAVNRW 301: IPVTVMEFFF FDLDRILRGG GYLWLDRFFS KKVDLENVYA PMIGKLGYKK VKWAVANKAD SKHGEVFLTA LLQKPVAR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)