AT1G09940.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Glutamyl-tRNA reductase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes glutamyl-tRNA reductase. Involved in heme biosynthesis in non-photosynthetic tissues and induced by oxidative stress in photosynthetic tissues to supply heme for defensive hemoproteins | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HEMA2; FUNCTIONS IN: glutamyl-tRNA reductase activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress, heme biosynthetic process, tetrapyrrole biosynthetic process, porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase (InterPro:IPR006151), Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, conserved site (InterPro:IPR018214), Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, C-terminal (InterPro:IPR015896), Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase (InterPro:IPR000343), Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, N-terminal (InterPro:IPR015895); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glutamyl-tRNA reductase family protein (TAIR:AT1G58290.1); Has 5044 Blast hits to 5020 proteins in 1819 species: Archae - 226; Bacteria - 3662; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 221; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 934 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3237224..3239262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58295.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 530 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSSAFVVT PKLEKLLANH HNPTYSSSPA PLDVIGIRAL PMNNRNKRGL IQRARCEISP SNKAASISAL EQLKTSAIDR YTKERSSIVV IGLSIHTAPV 101: EMREKLAIPE AEWPRAIAEL CGLNHIEEAA VLSTCNRMEI YVLALSQHRG VKEVTEWMSK TSGIPVSEIC QHRFLLYNKD VTQHIFEVSA GLDSLVLGEG 201: QILAQVKQVV KVGQGVNGFG RNISGLFKHA ITVGKRVRTE TNIAAGAVSV SSAAVELALM KLPESSHASS ARMLVVGAGK MGKLVIKHLV AKGCTKMVVV 301: NRSEEKVAAV RNEMPPGVEI IYKPLDEMLS CAAEADVVFT STASETPLFL KEQVETLPPV RDARLFVDIS VPRNVGSCVA EIDGTRVFNV DDLKEVVAAN 401: KEDRVRKAMD AQAIITDESK HFEAWRDSLE TVPTIKKLRG YTERIIAAEI EKSLPKMGID MNKKMRKTVD DLIRGIVNKL LHGPMQHLRC DGNDSRTLSE 501: TLDNMQALNR MYGLDAEILE EKIRAKVEKK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)