AT1G09070.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.500 vacuole 0.500 ASURE: endoplasmic reticulum,vacuole What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : soybean gene regulated by cold-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
SRC2 specifically binds the peptide PIEPPPHH, and moves from ER to a vacuole fraction where it gets internalized. Involved in Protein Storage Vacuole targeting. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
soybean gene regulated by cold-2 (SRC2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein (TAIR:AT3G16510.1); Has 25146 Blast hits to 15856 proteins in 1076 species: Archae - 6; Bacteria - 3010; Metazoa - 13770; Fungi - 3151; Plants - 2962; Viruses - 83; Other Eukaryotes - 2164 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2927767..2928741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34191.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 324 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MECRSLDLTI ISAEDLKDVQ LIGKQDLYAV VSINGDARTK QKTKVDKDCG TKPKWKHQMK LTVDDAAARD NRLTLVFEIV ADRPIAGDKP VGEVSVPVKE 101: LLDQNKGDEE KTVTYAVRLP NGKAKGSLKF SFKFGEKYTY GSSSGPHAPV PSAMDHKTMD QPVTAYPPGH GAPSAYPAPP AGPSSGYPPQ GHDDKHDGVY 201: GYPQQAGYPA GTGGYPPPGA YPQQGGYPGY PPQQQGGYPG YPPQGPYGYP QQGYPPQGPY GYPQQQAHGK PQKPKKHGKA GAGMGLGLGL GAGLLGGLLV 301: GEAVSDIADM GDMGDMGDMG GFDF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)