AT1G04350.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein whose sequence is similar to 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT5G59540.1); Has 8112 Blast hits to 8080 proteins in 977 species: Archae - 0; Bacteria - 1066; Metazoa - 116; Fungi - 819; Plants - 4883; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1228 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1165296..1166538 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40798.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METKEFDSYS ERKAFDETKT GVKGLIDAHI TEIPRIFCLP QGSLSDKKPF VSTTDFAIPI IDFEGLHVSR EDIVGKIKDA ASNWGFFQVI NHGVPLNVLQ 101: EIQDGVRRFH EEAPEVKKTY FTRDATKRFV YNSNFDLYSS SSCVNWRDSF ACYMAPDPPN PEDLPVACRV AMFEYSKHMM RLGDLLFELL SEALGLRSDK 201: LKSMDCMKGL LLLCHYYPPC PQPDLTIGTN NHSDNSFLTI LLQDQIGGLQ IFHQDCWVDV SPIPGALVIN MGDFLQLITN DKVISVEHRV LANRAATPRI 301: SVASFFSTSM RPNSTVYGPI KELLSEENPS KYRVIDLKEY TEGYFKKGLD GTSYLSHYKI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)