AT1G07700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Thioredoxin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Thioredoxin superfamily protein; INVOLVED IN: cell redox homeostasis; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin, core (InterPro:IPR015467), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thioredoxin superfamily protein (TAIR:AT1G19730.1); Has 1987 Blast hits to 1985 proteins in 408 species: Archae - 6; Bacteria - 244; Metazoa - 551; Fungi - 299; Plants - 574; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 310 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2380214..2381127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23012.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSLLNISHC SYHGYSGLTS RGGINTVENH RWVWHNNGVR LSFPRAESSI NITMGCTLQR GIAKSLSQEN LVELSDENDD LCPVECVTEF KTDDELLSVL 101: EKSKETNSLV VVDFYRTACG SCKYIEQGFS KLCKQSGDQE APVIFLKHNV VDEYDEQSEV AERLRIKAVP LFHFYKNGVL LESFATRDKE RIDAAILKYT 201: SSES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)