AT1G04020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : breast cancer associated RING 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein containing two tandem BRCA1 C-Terminal (BRCT) domains, which function in phosphorylation-dependent protein–protein interactions.Loss of function mutations cause defects in meristem organization due to failure to repress WUS. BARD1 binds to WUS promoter and over expression of BARD reduces the extent of WUS expression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
breast cancer associated RING 1 (BARD1); FUNCTIONS IN: transcription coactivator activity, DNA binding; INVOLVED IN: DNA repair, regulation of meristem structural organization, leaf development; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), BRCT (InterPro:IPR001357); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: breast cancer susceptibility1 (TAIR:AT4G21070.1); Has 5889 Blast hits to 5527 proteins in 313 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 4435; Fungi - 374; Plants - 570; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 489 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1036610..1040045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 79694.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 714 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEFTNMLMN PWVLHLQKLE LELKCPLCLK LLNRPVLLPC DHVFCDSCVH KSSQVESGCP VCKSKHPKKA RRDLRFMESV ISIYKSLNAA VSVHLPQLQI 101: PNDCNYKNDA LNNSNSPKHG ESEDSEMTDK DVSKRSGGTD SSSRDGSPLP TSEESDPRPK HQDWTEKQLS DHLLLYEFES EYDAANHTPE SYTEQAAKNV 201: RDITASEQPS NAARKRICGD SFIQESSPNP KTQDPTLLRL MESLRSDDPT DYVKAQNHQQ LPKSHTEQDS KRKRDITASD AMENHLKVPK RENNLMQKSA 301: DIDCNGKCSA NSDDQLSEKI SKALEQTSSN ITICGFCQSA RVSEATGEML HYSRGRPVDG DDIFRSNVIH VHSACIEWAP QVYYEGDTVK NLKAELARGM 401: KIKCTKCSLK GAALGCFVKS CRRSYHVPCA REISRCRWDY EDFLLLCPAH SSVKFPNEKS GHRVSRAEPL PKINPAELCS LEQTPAFTKE LVLCGSALSK 501: SDKKLMESLA VRFNATISRY WNPSVTHVIA STDEKGACTR TLKVLMGILN GKWIINAAWM KASLKASQPV DEEPFEIQID TQGCQDGPKT ARLRAETNKP 601: KLFEGLKFYF FGDFYKGYKE DLQNLVKVAG GTILNTEDEL GAESSNNVND QRSSSIVVYN IDPPHGCALG EEVTIIWQRA NDAEALASQT GSRLVGHTWV 701: LESIAGYKLH PVIG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)