AT5G64570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-D-xylosidase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a beta-d-xylosidase that belongs to family 3 of glycoside hydrolases. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-D-xylosidase 4 (XYL4); FUNCTIONS IN: xylan 1,4-beta-xylosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; INVOLVED IN: xylan catabolic process; LOCATED IN: apoplast, cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal (InterPro:IPR001764), Glycoside hydrolase, family 3, C-terminal (InterPro:IPR002772), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-xylosidase 3 (TAIR:AT5G09730.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25810227..25813309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 84312.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 784 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSSSPLTRR NRAPPSSVSS VYLIFLCFFL YFLNFSNAQS SPVFACDVAA NPSLAAYGFC NTVLKIEYRV ADLVARLTLQ EKIGFLVSKA NGVTRLGIPT 101: YEWWSEALHG VSYIGPGTHF SSQVPGATSF PQVILTAASF NVSLFQAIGK VVSTEARAMY NVGLAGLTYW SPNVNIFRDP RWGRGQETPG EDPLLASKYA 201: SGYVKGLQET DGGDSNRLKV AACCKHYTAY DVDNWKGVER YSFNAVVTQQ DMDDTYQPPF KSCVVDGNVA SVMCSYNQVN GKPTCADPDL LSGVIRGEWK 301: LNGYIVSDCD SVDVLYKNQH YTKTPAEAAA ISILAGLDLN CGSFLGQHTE EAVKSGLVNE AAIDKAISNN FLTLMRLGFF DGNPKNQIYG GLGPTDVCTS 401: ANQELAADAA RQGIVLLKNT GCLPLSPKSI KTLAVIGPNA NVTKTMIGNY EGTPCKYTTP LQGLAGTVST TYLPGCSNVA CAVADVAGAT KLAATADVSV 501: LVIGADQSIE AESRDRVDLH LPGQQQELVI QVAKAAKGPV LLVIMSGGGF DITFAKNDPK IAGILWVGYP GEAGGIAIAD IIFGRYNPSG KLPMTWYPQS 601: YVEKVPMTIM NMRPDKASGY PGRTYRFYTG ETVYAFGDGL SYTKFSHTLV KAPSLVSLGL EENHVCRSSE CQSLDAIGPH CENAVSGGGS AFEVHIKVRN 701: GGDREGIHTV FLFTTPPAIH GSPRKHLVGF EKIRLGKREE AVVRFKVEIC KDLSVVDEIG KRKIGLGKHL LHVGDLKHSL SIRI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)