AT5G57560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cell wall-modifying enzyme, rapidly upregulated in response to environmental stimuli | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Touch 4 (TCH4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (InterPro:IPR016455), Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal (InterPro:IPR010713), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Glycoside hydrolase, family 16 (InterPro:IPR000757), Glycoside hydrolase, family 16, active site (InterPro:IPR008263); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xyloglucan endotransglycosylase 6 (TAIR:AT4G25810.1); Has 2219 Blast hits to 2201 proteins in 305 species: Archae - 0; Bacteria - 284; Metazoa - 0; Fungi - 458; Plants - 1386; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23307296..23308235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32094.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 284 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAITYLLPLF LSLIITSSVS ANFQRDVEIT WGDGRGQIKN NGELLTLSLD KSSGSGFQSK NEYLFGKVSM QMKLVPGNSA GTVTTLYLKS PGTTWDEIDF 101: EFLGNSSGEP YTLHTNVYTQ GKGDKEQQFK LWFDPTANFH TYTILWNPQR IIFTVDGTPI REFKNMESLG TLFPKNKPMR MYSSLWNADD WATRGGLVKT 201: DWSKAPFTAS YRGFQQEACV WSNGKSSCPN ASKQGTTTGS WLSQELDSTA QQRMRWVQRN YMIYNYCTDA KRFPQGLPKE CLAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)