AT5G55500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-1,2-xylosyltransferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a beta-1,2-xylosyltransferase that is glycosylated at two positions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-1,2-xylosyltransferase (XYLT); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22482386..22484417 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60238.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 534 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKRNPKILK IFLYMLLLNS LFLIIYFVFH SSSFSPEQSQ PPHIYHVSVN NQSAIQKPWP ILPSYLPWTP PQRNLPTGSC EGYFGNGFTK RVDFLKPRIG 101: GGGEGSWFRC FYSETLQSSI CEGRNLRMVP DRIVMSRGGE KLEEVMGRKE EEELPAFRQG AFEVAEEVSS RLGFKRHRRF GGGEGGSAVS RRLVNDEMLN 201: EYMQEGGIDR HTMRDLVASI RAVDTNDFVC EEWVEEPTLL VTRFEYANLF HTVTDWYSAY VSSRVTGLPN RPHVVFVDGH CTTQLEETWT ALFSGIRYAK 301: NFTKPVCFRH AILSPLGYET ALFKGLSGEI DCKGDSAHNL WQNPDDKRTA RISEFGEMIR AAFGLPVNRH RSLEKPLSSS SSSASVYNVL FVRREDYLAH 401: PRHGGKVQSR LINEEEVFDS LHHWVATGST GLTKCGINLV NGLLAHMSMK DQVRAIQDAS VIIGAHGAGL THIVSATPNT TIFEIISVEF QRPHFELIAK 501: WKGLEYHAMH LANSRAEPTA VIEKLTEIMK SLGC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)