AT5G51450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RPM1 interacting protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RING-finger type ubiquitin ligases. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RPM1 interacting protein 3 (RIN3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Ubiquitin system component Cue (InterPro:IPR003892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RPM1 interacting protein 2 (TAIR:AT4G25230.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:20893164..20897223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64521.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 577 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGITYLHISV ATTALSFVGL QVWTELSLDR LRADGIITKN ISLGNSENTL ELLLSSHTTI ALLASFVLNI YILLVLSLKT LFFGDLYAIE TRKLVERLAN 101: YIIYKGTFLP FVVPRTVFQG VLWTIWLTVL CTLKMFQALA RDRLDRLNAS PSSTPWTYFR VYSALFMVLS TDLCWIKLSL MIYNTVGSSV YLLLLFEPCG 201: IAFETLQALL IHGFQLLDMW INHLAVKNSD CQRSKFYDSM TAGSLLEWKG LLNRNLGFFL DMATLVMALG HYLHIWWLHG MAFHLVDAVL FLNIRALLSS 301: ILKRIKGYIK LRVALGALHA ALLDATSEEL RDYDDECAIC REPMAKAKRL HCNHLFHLGC LRSWLDQGLN EVYSCPTCRK PLFVGRTESE ANPSRGEVSS 401: DEHLARQFER QNNSVHALTT GMFPTETPNF TESDPWRNSE VDPSWLQTWS DQGVDVVGSS AGSRSVGLGQ VQLMMRHLAS VGEGSAQTTL DDASWGLWPM 501: NPSQASTSST YVPPGAGGRT GGLHLRTVSR AANNMASILA MAETVREVLP HVPDEIIFQD LQRTNSVSVT VNNLLQM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)