AT5G45140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nuclear RNA polymerase C2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a subunit of RNA polymerase III (aka RNA polymerase C). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nuclear RNA polymerase C2 (NRPC2); FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, ribonucleoside binding, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 (InterPro:IPR007120), RNA polymerase Rpb2, domain 7 (InterPro:IPR007641), RNA polymerase, beta subunit, protrusion (InterPro:IPR007644), RNA polymerase Rpb2, domain 3 (InterPro:IPR007645), DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 (InterPro:IPR015712), RNA polymerase Rpb2, domain 2 (InterPro:IPR007642), RNA polymerase Rpb2, domain 4 (InterPro:IPR007646), RNA polymerase Rpb2, domain 5 (InterPro:IPR007647), RNA polymerase, beta subunit, conserved site (InterPro:IPR007121); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA-directed RNA polymerase family protein (TAIR:AT4G21710.1); Has 31946 Blast hits to 25220 proteins in 8516 species: Archae - 496; Bacteria - 14545; Metazoa - 599; Fungi - 7189; Plants - 2320; Viruses - 240; Other Eukaryotes - 6557 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:18247416..18257713 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 130219.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1161 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MGLDQEDLDL TNDDHFIDKE KLSAPIKSTA DKFQLVPEFL KVRGLVKQHL DSFNYFINVG IHKIVKANSR ITSTVDPSIY LRFKKVRVGE PSIINVNTVE 0101: NINPHMCRLA DMTYAAPIFV NIEYVHGSHG NKAKSAKDNV IIGRMPIMLR SCRCVLHGKD EEELARLGEC PLDPGGYFII KGTEKVLLIQ EQLSKNRIII 0201: DSDKKGNINA SVTSSTEMTK SKTVIQMEKE KIYLFLHRFV KKIPIIIVLK AMGMESDQEI VQMVGRDPRF SASLLPSIEE CVSEGVNTQK QALDYLEAKV 0301: KKISYGTPPE KDGRALSILR DLFLAHVPVP DNNFRQKCFY VGVMLRRMIE AMLNKDAMDD KDYVGNKRLE LSGQLISLLF EDLFKTMLSE AIKNVDHILN 0401: KPIRASRFDF SQCLNKDSRY SISLGLERTL STGNFDIKRF RMHRKGMTQV LTRLSFIGSM GFITKISPQF EKSRKVSGPR SLQPSQWGML CPCDTPEGES 0501: CGLVKNLALM THVTTDEEEG PLVAMCYKLG VTDLEVLSAE ELHTPDSFLV ILNGLILGKH SRPQYFANSL RRLRRAGKIG EFVSVFTNEK QHCVYVASDV 0601: GRVCRPLVIA DKGISRVKQH HMKELQDGVR TFDDFIRDGL IEYLDVNEEN NALIALYESD GTTELDEGAE AAKADTTHIE IEPFTILGVV AGLIPYPHHN 0701: QSPRNTYQCA MGKQAMGNIA YNQLNRMDTL LYLLVYPQRP LLTTRTIELV GYDKLGAGQN ATVAVMSFSG YDIEDAIVMN KSSLDRGFGR CIVMKKIVAM 0801: SQKYDNCTAD RILIPQRTGP DAEKMQILDD DGLATPGEII RPNDIYINKQ VPVDTVTKFT SALSDSQYRP AREYFKGPEG ETQVVDRVAL CSDKKGQLCI 0901: KYIIRHTRRP ELGDKFSSRH GQKGVCGIII QQEDFPFSEL GICPDLIMNP HGFPSRMTVG KMIELLGSKA GVSCGRFHYG SAFGERSGHA DKVETISATL 1001: VEKGFSYSGK DLLYSGISGE PVEAYIFMGP IYYQKLKHMV LDKMHARGSG PRVMMTRQPT EGKSKNGGLR VGEMERDCLI AYGASMLIYE RLMISSDPFE 1101: VQVCRACGLL GYYNYKLKKA VCTTCKNGDN IATMKLPYAC KLLFQELQSM NVVPRLKLTE A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)