AT5G43280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the peroxisomal delta 3,5-delta2,4-dienoyl-CoA isomerase, a enzyme involved in degradation of unsaturated fatty acids. Gene expression is induced upon seed germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase 1 (DCI1); FUNCTIONS IN: enoyl-CoA hydratase activity, delta3,5-delta2,4-dienoyl-CoA isomerase activity; INVOLVED IN: fatty acid catabolic process, seed germination, metabolic process; LOCATED IN: peroxisome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site (InterPro:IPR018376), Crotonase, core (InterPro:IPR001753); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP-dependent caseinolytic (Clp) protease/crotonase family protein (TAIR:AT4G16800.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17367947..17369113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29922.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 278 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTMESYKTLE IIRKNTDSSV FHLIINRPSH LNALSLDFFI EFPKALSSLD QNPDVSVIIL SGAGKHFCSG IDLNSLSSIS TQSSSGNDRG RSSEQLRRKI 101: KSMQAAITAI EQCRKPVIAA IHGACIGGGV DLITACDIRY CSEDAFFSIK EVDLAIVADL GTLQRLPSIV GYANAMELAL TARRFSGSEA KDLGLVSKVF 201: GSKSELDNGV TTIAEGIGGK SPLAVTGTKA VLLRSREVSV EQGLDYVATW NSAMLISDDL NEAVSAQMMK RKPRFAKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)