AT5G43190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (peroxisomal marker) v1
Arabidopsis cell culture (peroxisomal marker) v2
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 2 (InterPro:IPR011498), F-box associated interaction domain (InterPro:IPR017451); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT1G27340.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:17340300..17341511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45449.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFRLRAHGKK PITITTTTTT TASTFLYWSP ESSPTALSSP TNLDPNIWSN LPNHLLEHIL SLLPFKTLLT LRSISRHLRS LILSPSFISD HSFSLPSFLL 101: LSHPQSFNSF PLFNPNLISW CTLPLPRSLS LTCASSLLSS SNGLLCFSLS PSSVSSLSIF NPLTRSSRSI KLPCYPFPFE LLSLVTSPKG YKIFTLCSSS 201: SAASSRSVCL YDSGDRSWRK FGGVDQVLPR GFNQDGVFYN GSLYFARSEP FLIVSVDLND GKWTTATGDG VFPADDEITF ARLVSDPEKK ILYMVGGIGS 301: NGICRSIKIW EFKEETESWI EVETLPDIVC RKFTSVCYHN YEHVYCLWHK EMICVCCYNW PEILFFHVGR RTWHWVPKCP SLPEKWSCGF RWFSFVPSLS 401: ASV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)