AT5G42350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.990 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT5G42360.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16932106..16933797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64729.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 563 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMISEKPLGV EESIRQDLEV LTVSRRLVKS VSQKLKKKIH KTEVVEDEEI ARGAVNCLSI SVGCRVADTG EDFEDSSNKR WSSASEEGKG LMTICGTEET 101: RLDCFSYGVR ERFWKKNNRK YLADSGQDYR KHVYLPDDIL EMCLMRLPLT SLLNAHLVCK KWQSMANTQR FLQMRREGSF QTPWLFLFAA LKDGCSSGDI 201: HGYDVSQDKW HRIETDLLKG RFMYSVTSIH EEIYIVGGRS MDRNSFKSHR GILVFSPSIK AWRKIASMRH ARSLPIVGAT EVTSEFSTMQ TKQNRQDRRF 301: HLSRVGGESD VYEDPHRLSV RRQNRNSADQ NGTKSHRLIR QKLDRLNRNS SKRFVLIAIG GTGLFDEPLD SGEIYDSATN TWSEMQRLPM GFGVVSCGII 401: CNGIFYAYSE NDKLSGYDIE RGFWITIQTS PIPPRVHEFY PKLVSCNHRL FMLSVSWCDE GDGQIGRRNK AVRKLWELDL VYLTWTEVSV HPDAPMDWNA 501: TYVSDQNILM GIEMFKIFGQ VLSFFTVCDV LTEEASWRHV SRNQRSQKLN LSCTNKTIAL LHL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)