AT5G40740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
unknown protein; Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16302229..16306371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80939.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 741 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTMDREKERE LELESAMYTN CLLLGLDPNV IGLGASNGTP RVGLFRHSNP KLGEQLLYFI LSSLRGPAQS SKDFDKVWPI FDSAQSRDFR KVVQAIISEL 101: ESQGALPRSN SRVSSLATCC GPRFVELLWQ LSLHALREVH RRTFPADVAS NPLPSSLTDV SFSHAATLLP VTKARIVLER RRFLKNAETA VQRQAMWSNL 201: AHEMTAEFRG LCAEEAYLQQ ELEKLNDLRN KVKQEGEVWD DLVSSSSQNS HLVSKATRLW DSIMARKGQH EVLASGPIED LIAHREHRYR ISGSALLAAM 301: DQSSQVPRAE LLSAHSDDSA SLADDKELSD GSYTNMHDHS LVDSFETASS QASDETLSRV DDRGGKINQT VDVAEVIRRW THALQRIHKQ SLLLAKANDG 401: DGPDILRTAS DGGTSGHVES LAATLTEHQQ HLASFQVLIN QLKEVSPAIQ KSISECTEMV NSLPPTLPPV TRSNGQASSL LQSQGSGRIM EGVSNDVAEL 501: TSTMSNVQLE KVSASPTLKL PQLFSSTPTS SGKGGNGQKR QTMASQVNKM ESLSEKNSTD QALSNARPDN LPTDTSSSFV HNLKKSVREA ALLIPSSAGS 601: SRDSQSDEGS EHYFVPLSAT GFSRFPSETK ALPLRGSRAL TSLSEPSFLE PNVPDSFAPS KYSDIPDTYD DLDSFKDYDN GNGFLSVAGS NSVASDAQQS 701: FYDIDDQVFS PPLLMDSSLL SDAYEDLLAP LSETEAALME H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)