AT5G39950.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : thioredoxin 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a cytosolic thioredoxin that reduces disulfide bridges of target proteins by the reversible formation of a disulfide bridge between two neighboring Cys residues present in the active site. Thioredoxins have been found to regulate a variety of biological reactions in prokaryotic and eukaryotic cells. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thioredoxin 2 (TRX2); FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, acting on sulfur group of donors, disulfide as acceptor; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation, sulfate assimilation; LOCATED IN: cytosol, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin, core (InterPro:IPR015467), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin, conserved site (InterPro:IPR017937), Thioredoxin-like subdomain (InterPro:IPR006662), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: thioredoxin H-type 7 (TAIR:AT1G59730.1); Has 19714 Blast hits to 19583 proteins in 2950 species: Archae - 262; Bacteria - 11021; Metazoa - 1828; Fungi - 880; Plants - 1790; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 3919 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15990885..15991881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14676.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 133 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGGALSTVFG SGEDATAAGT ESEPSRVLKF SSSARWQLHF NEIKESNKLL VVDFSASWCG PCRMIEPAIH AMADKFNDVD FVKLDVDELP DVAKEFNVTA 101: MPTFVLVKRG KEIERIIGAK KDELEKKVSK LRA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)