AT5G20070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.884 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nudix hydrolase homolog 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
nudix hydrolase homolog 19 (NUDX19); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, metal ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc ribbon, NADH pyrophosphatase (InterPro:IPR015376), NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), NUDIX hydrolase (InterPro:IPR020476), NUDIX hydrolase, conserved site (InterPro:IPR020084), NADH pyrophosphatase-like, N-terminal (InterPro:IPR015375), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6779893..6782308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48349.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 438 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLALFLSSSS YPTLSFLSRS VTLNLARTTT LSALTMSMNL KTHAFAGNPL KSKTPKSTDP FSPTSAFESL KTLIPVIPNH STPSPDFKVL PFSKGRPLVF 101: SSGGDANTTP IWHLGWVSLA DCKVLLASCG VDLNEDSLVY LGPKLEEDLV YWAVDLAEDG FVSELGGRKL CFVELRTLMV AADWADQRAM DELAIAGNAR 201: ALLEWHNVSQ FCGSCGSKTF PKEAGRRKQC SDETCRKRVY PRVDPVVIML VIDRENDRAL LSRQSRYVPR MWSCLAGFIE PGESLEEAVR RETWEETGIE 301: VGDVVYHSSQ PWPVGPSSMP CQLMLGFFAF AKTLDINVDK EELEDAQWHS REEVKKALAV AEYRKAQRTA AAKVEQICKG VERSQSLSTD FNLESGELAP 401: MFIPGPFAIA HHLISAWVNQ APDDVHSKQQ AGVSLSSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)