AT5G16190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.941 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cellulose synthase like A11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a gene similar to cellulose synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cellulose synthase like A11 (CSLA11); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 2 (InterPro:IPR001173); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cellulose synthase-like A10 (TAIR:AT1G24070.1); Has 4862 Blast hits to 4856 proteins in 1449 species: Archae - 192; Bacteria - 3834; Metazoa - 9; Fungi - 83; Plants - 479; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 254 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5283663..5286293 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51472.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 443 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQEDLELGNQ NFPMVLVQIP MYNEREVFKL SIGAACRLIW PLDRLIVQVL DDSTDPTIME MVSTECGKWA TKGINIKCER RDNRNGYKAG ALKQGMRHSY 101: VKTCTYIAIF DADFQPEPDY LERTVPFLIH NPELALVQAR WKFVNAKKCL MTRMQEMSLN YHFTAEQESG STRHAFFGFN GTAGVWRLAA MEEAGGWKDR 201: TTVEDMDLAV RVGLHGWKFV FVNDVSVKSE LPSQFKAFRF QQHRWSCGPA NLFRKMTMEI IRNKRVTIWK KLYVIYSFFF VRKIIVHFFT FFFYCFILPT 301: SVFFPEVNIP TWSTVYFPFM ITLFNAIATP RSFYLVIFWV LFENVMAMHR TKGTFIGLLE GGRVNEWVVT EKLGDALETK LLPQVRKPRN GFLERINSKE 401: MMVGIYILCC ASYNLVFGKT VLYIYLYMQA LAFIIAGIGF IGT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)