AT5G15090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : voltage dependent anion channel 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a voltage-dependent anion channel (VDAC: AT3G01280/VDAC1, AT5G67500/VDAC2, AT5G15090/VDAC3, AT5G57490/VDAC4, AT5G15090/VDAC5). VDACs are reported to be porin-type, beta-barrel diffusion pores. They are prominently localized in the outer mitochondrial membrane and are involved in metabolite exchange between the organelle and the cytosol. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
voltage dependent anion channel 3 (VDAC3); FUNCTIONS IN: voltage-gated anion channel activity; INVOLVED IN: defense response to bacterium, response to bacterium, anion transport; LOCATED IN: in 10 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Porin, eukaryotic type (InterPro:IPR001925); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: voltage dependent anion channel 1 (TAIR:AT3G01280.1); Has 896 Blast hits to 896 proteins in 198 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 411; Fungi - 154; Plants - 298; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 31 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4889641..4891389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29212.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 274 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKGPGLYTE IGKKARDLLY RDYQGDQKFS VTTYSSTGVA ITTTGTNKGS LFLGDVATQV KNNNFTADVK VSTDSSLLTT LTFDEPAPGL KVIVQAKLPD 101: HKSGKAEVQY FHDYAGISTS VGFTATPIVN FSGVVGTNGL SLGTDVAYNT ESGNFKHFNA GFNFTKDDLT ASLILNDKGE KLNASYYQIV SPSTVVGAEI 201: SHNFTTKENA ITVGTQHALD PLTTVKARVN NAGVANALIQ HEWRPKSFFT VSGEVDSKAI DKSAKVGIAL ALKP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)