AT5G14660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peptide deformylase 1B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a peptide deformylase PDF1B. The crystal structure has been determined at a resolution of 0.24 nm (Biochem J, 2008, vol 413:417-427). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peptide deformylase 1B (PDF1B); FUNCTIONS IN: peptide deformylase activity; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Formylmethionine deformylase (InterPro:IPR000181); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peptide deformylase 1A (TAIR:AT1G15390.1); Has 11015 Blast hits to 11012 proteins in 2634 species: Archae - 4; Bacteria - 7821; Metazoa - 125; Fungi - 0; Plants - 121; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2942 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4727129..4728671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30612.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 273 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVCNCFLQA PPLSRILLPV LSRRATTLSA GYGRLKSTVT FCSTVNRTSP LTSSVRAEVK RVSRKDDKVA SATDVQFETP LKIVEYPDPI LRAKNKRIDI 101: FDENLKNLVD AMFDVMYKTD GIGLSAPQVG LNVQLMVFNP AGEPGEGKEI VLVNPKIKKY SDKLVPFDEG CLSFPGIYAE VVRPQSVKID ARDITGERFS 201: ISLSRLPARI FQHEYDHLEG VLFFDRMTDQ VLDSIREELE ALEKKYEEKT GLPSPERVEA RQKRKAGVGF GKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)