AT5G13730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : sigma factor 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes sigma 4 factor, involved in regulating the activity of the plastid-encoded RNA polymerase PEP. Regulates the overall quantity of NDH complexes and thus influences NDH activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sigma factor 4 (SIG4); FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, sigma factor activity, DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, transcription initiation; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase sigma factor, region 2 (InterPro:IPR013325), Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA polymerase sigma-70 region 3 (InterPro:IPR007624), RNA polymerase sigma-70 (InterPro:IPR014284), RNA polymerase sigma factor, region 3/4 (InterPro:IPR013324), RNA polymerase sigma-70 factor (InterPro:IPR000943), RNA polymerase sigma-70 region 2 (InterPro:IPR007627), RNA polymerase sigma-70 region 4 (InterPro:IPR007630); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNApolymerase sigma subunit 2 (TAIR:AT1G08540.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4429132..4430744 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47168.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 419 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTIPTTAT ATMCPSPPVP TISPLLRTTH QCQPSPSLSS PFSIKLSTAL VCGDTTVDRV VDSSVMIKPE KWGIQSEKRR KRRRRRRVGY ERLEPEEEEN 101: AGVEAEAETI SVPVVGASRS GFLSRLEEVQ LCLYLKEGAK LENLGTSVEE NEMVSVLLAS GRGKKKRSAN EILCRRKEAR EKITRCYRRL VVSIATGYQG 201: KGLNLQDLIQ EGSIGLLRGA ERFDPDRGYK LSTYVYWWIK QAILRAIAHK SRLVKLPGSM WELTAKVAEA SNVLTRKLRR QPSCEEIAEH LNLNVSAVRL 301: AVERSRSPVS LDRVASQNGR MTLQEIVRGP DETRPEEMVK REHMKHEIEQ LLGSLTARES RVLGLYFGLN GETPMSFEEI GKSLKLSRER VRQINGIALK 401: KLRNVHNVND LKIYYSSSE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)