AT1G07440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to karrikin; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site (InterPro:IPR020904), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Glucose/ribitol dehydrogenase (InterPro:IPR002347), Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (InterPro:IPR002198); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein (TAIR:AT2G29340.1); Has 123507 Blast hits to 123216 proteins in 3599 species: Archae - 988; Bacteria - 81523; Metazoa - 5145; Fungi - 6175; Plants - 2670; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 27001 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2286436..2287665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28333.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 266 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGAEQSQRW SLKAKTVLVT GGTKGIGHAI VEEFAGFGAV IHTCARNEYE LNECLSKWQK KGFQVTGSVC DASLRPEREK LMQTVSSMFG GKLDILINNL 101: GAIRSKPTLD YTAEDFSFHI STNLESAYHL SQLAHPLLKA SGCGNIIFMS SIAGVVSASV GSIYSATKGA LNQLARNLAC EWASDGIRAN AVAPAVIATP 201: LAEAVYDDEF KKVVISRKPL GRFGEPEEVS SLVAFLCMPA ASYITGQTIC VDGGLTVNGF SYQPQG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)