AT5G10790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ubiquitin-specific protease. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 22 (UBP22); FUNCTIONS IN: ubiquitin-specific protease activity, ubiquitin thiolesterase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, UBP-type (InterPro:IPR001607), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 23 (TAIR:AT5G57990.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:3410638..3412559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63520.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 557 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSARISFLKN PDPCNHLSDY KLRYGTDGYK SFNNLFRCFN DARIKIKLQG IDIPRCSYCS VYQKRLYICL ICRSISCSSH ILLHTQLNKG HDIAIDVERS 101: ELYCCACIDQ VYDSEFDEVV VSKQLFGLGM SVKSGADVVA VRSNKKRRLD SQLIIGSNFL VSPRDRREKW TFPLGLRGLN NLGSTCFMNA VLQALVHAPP 201: LRNFWLSGQH NRDLCPRRTM GLLCLPCDLD VIFSAMFSGD RTPYSPAHLL YSWWQHSTNL ATYEQQDSHE FFISLLDRIH ENEGKSKCLY QDNEECQCIT 301: HKAFSGLLRS DVTCTTCGST STTYDPFIDI SLTLDSMNGF SPADCRKNRY SGGPSVNAIM PTLSGCLDFF TRSEKLGPDQ KLNCQSCGEK RESSKQMSIR 401: RLPLLLCLHV KRFEHSLTRK TSRKIDSYLQ YPFRLNMSPY LSSSIIGKRF GNRIFAFDGE GEYDSSSSSS PSAEFEIFAV VTHKGMLESG HYVTYLRLKG 501: LWYRCDDAWI NEVEEEVVRG CECYMLFYAQ ETVIQKAHKE LSYQVISMAD AFPFADC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)