AT5G06390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FASCICLIN-like arabinogalactan protein 17 precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FASCICLIN-like arabinogalactan protein 17 precursor (FLA17); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: cell adhesion; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: guard cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FASCICLIN-like arabinogalactan protein 18 precursor (TAIR:AT3G11700.1); Has 803 Blast hits to 777 proteins in 229 species: Archae - 10; Bacteria - 420; Metazoa - 40; Fungi - 21; Plants - 196; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 115 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1952939..1955047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50411.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 458 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRRIYGGSA VIHLFLFFSV LIFSAASALS KNQSPSSGSG QINSNSVLVA LLDSRYTELA ELVEKALLLQ TLEDAVGRHN ITIFAPRNEA LERDLDPEFK 101: RFLLEPGNLK SLQTLLMFHI IPNRVGSNQW PSEESGRVKH HTLGNDQVRL SNGQGKKMVD LAEIIRPDDL TRPDGLIHGI ERLLIPRSVQ EDFNRRRSLQ 201: SISAVLPEGA PEVDPRTNRL KKPAAPVPAG SPPALPIQSA MAPGPSLAPA PAPGPGGKQH HFDGEAQVKD FIHTLLHYGG YNEMADILVN LTSLATEMGR 301: LVSEGYVLTV LAPNDEAMAK LTTDQLSEPG APEQIVYYHI IPEYQTEESM YNSVRRFGKV KFDTLRFPHK VAAKEADGSV KFGDGEKSAY LFDPDIYTDG 401: RISVQGIDGV LFPQEEEVVE SVKKPVKKIV QPRRGKLLEV ACSMLGAFGK DTYLSKCR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)