AT5G05390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, a member of laccase family of genes (17 members in Arabidopsis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 12 (LAC12); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, lignin catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: laccase 5 (TAIR:AT2G40370.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1594753..1597042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62737.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 565 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTVHTFSIL LFFCSLFSAS LIIAKVQHHD FVIQETPVKR LCKTRNAITV NGMFPGPTLE VNNGDTLEVK VHNRARYNIT IHWHGVRQIR TGWADGPEFV 101: TQCPIRPGKS YTYRFTIQGQ EGTLWWHAHS SWLRATVYGA LIIHPTPGSS FPFPKPDRQT ALMLGEWWNA NPVDVINQAT RTGAAPNISD AYTINGQPGD 201: LYNCSTKETV VVPINSGETS LLRVINAALN QPLFFTVANH KLTVVGADAS YLKPFTTKVL MLGPGQTTDV LLTADQPPKR YYIAARAYQS AQNAPFDNTT 301: TTAILQYKKT TTTSKPIMPV LPAFNDTNTV TSFSRKFKSL RNVVVPKTID DNLFFTIGLG LDNCPKKFPK SRCQGLNGTR FTASMNNVSF VLPSNFSLLQ 401: AHSNGIPGVF TTDFPSKPPV KFDYTGNNIS RALFQPVKGT KLYKLKYGSR VQVVLQDTNI VTSENHPIHL HGYDFYIVGE GFGNFNPKKD TSKFNLVDPP 501: LRNTVAVPVN GWAVIRFVAD NPGVWLMHCH LDVHIKWGLA MAFLVDNGVG ELETLEAPPH DLPIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)