AT5G03760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a beta-mannan synthase that is required for agrobacterium-mediated plant genetic transformation involves a complex interaction between the bacterium and the host plant. 3' UTR is involved in transcriptional regulation and the gene is expressed in the elongation zone of the root. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATCSLA09; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 2 (InterPro:IPR001173); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cellulose synthase-like A02 (TAIR:AT5G22740.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:985910..990087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60922.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 533 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELGDTTSVI PDSFMGYRDD ITMQMSMVLD QIRAPLIVPA LRLGVYICLT MSVMLFVERV YMGIVISLVK LFGRKPDKRF KYEPIKDDIE LGNSAYPMVL 101: IQIPMFNERE VYQLSIGAAC GLSWPSDRIV IQVLDDSTDP TIKDLVEMEC SRWASKGVNI KYEIRDNRNG YKAGALKEGM KKSYVKSCDY VAIFDADFQP 201: EADFLWRTVP YLLHNPKLAL VQARWKFVNS DECLMTRMQE MSLDYHFTVE QEVGSSTYAF FGFNGTAGIW RISALNEAGG WKDRTTVEDM DLAVRASLKG 301: WKFLYLGSLK VKNELPSTFK AYRYQQHRWS CGPANLFRKM AFEIMTNKNV TLWKKVHVIY SFFVVRKLVA HIVTFIFYCV ILPATVLVPE VTVPKWGAVY 401: IPSVITLLNA VGTPRSLHLM VFWILFENVM SLHRTKATFI GLLEGGRVNE WIVTEKLGDV KAKSATKTSK KVIRFRFGDR IHVLELGVGM YLLFVGCYDA 501: FFGKNHYYLY LFAQAIAFFI AGFGQIGTIV PNH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)