AT4G40060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox protein 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeodomain leucine zipper class I (HD-Zip I) protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeobox protein 16 (HB16); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding, transcription activator activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor (InterPro:IPR000047), Leucine zipper, homeobox-associated (InterPro:IPR003106), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox protein 6 (TAIR:AT2G22430.1); Has 9713 Blast hits to 9689 proteins in 534 species: Archae - 2; Bacteria - 4; Metazoa - 7673; Fungi - 210; Plants - 1646; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 173 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18571682..18572774 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33396.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 294 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRLSSSDSM CGLISTSTDE QSPRGYGSNY QSMLEGYDED ATLIEEYSGN HHHMGLSEKK RRLKVDQVKA LEKNFELENK LEPERKTKLA QELGLQPRQV 101: AVWFQNRRAR WKTKQLEKDY GVLKGQYDSL RHNFDSLRRD NDSLLQEISK IKAKVNGEED NNNNKAITEG VKEEEVHKTD SIPSSPLQFL EHSSGFNYRR 201: SFTDLRDLLP NSTVVEAGSS DSCDSSAVLN DETSSDNGRL TPPVTVTGGS FLQFVKTEQT EDHEDFLSGE EACGFFSDEQ PPSLHWYSAS DHWT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)