AT4G35890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.783 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : winged-helix DNA-binding transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
winged-helix DNA-binding transcription factor family protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA-binding protein Lupus La (InterPro:IPR006630); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: winged-helix DNA-binding transcription factor family protein (TAIR:AT5G66100.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:16997433..17000410 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55841.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 523 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASATSNNPA SSSMSPRRIS GNHGSPTASV AQSPRRPSRQ VSSPWTQIVR GESEPIAAAA AVAGPSSPQS RAPIEPIASV SVAAPTAAVL TVEAAAGDEK 101: SEASGGQDNA GKKPVWKRPS NGASEVGPVM GASSWPALSE TTKAPSNKSS SDSLKSLGDV PSSSSASSSV PVTQGIANAS VPAPKQAGRA NPNPTPNHSR 201: QRSFKQRNGA SGSANGTVSQ PSAQGSFTEL PSHNPSPRGQ NQKNGFASQN HGGTENPSQR DSYRNQNGNH HQSHGGRRNQ EHGNQNWTFQ RSFNGREGNA 301: QSQRGTPAFV RHPSPTVQPI PQFMAAQPFP SHIPFPTELA QSSYYPRMPY MTPIPHGPQF FYHYQDPPLH MKLHKQIQYY FSDENLITDI YLRGFMNNEG 401: FVPLRVVAGF KKVAELTDNI QQIVEALQNS PHVEVQGDFI RKRDNWQNWV LRRNPTGSGP QSVDRADAVA KRLGNLSVDQ SSADPIGGSS SQLQPTEALS 501: DDQQQSSSTA PVSNHNAPDG ANR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)