AT5G08560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transducin family protein / WD-40 repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
transducin family protein / WD-40 repeat family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), CTLH, C-terminal LisH motif (InterPro:IPR006595), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), LisH dimerisation motif (InterPro:IPR006594), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transducin family protein / WD-40 repeat family protein (TAIR:AT5G43920.1); Has 58921 Blast hits to 28907 proteins in 822 species: Archae - 84; Bacteria - 8409; Metazoa - 23216; Fungi - 12597; Plants - 7341; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 7268 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2771104..2773827 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65833.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 589 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVVEDTEPP LKRAKRLADE PNGFSANSSV RGSSVNSNSL GDLMARPLPS QGDDETIGSK GVIRKSEFVR IITRALYSLG YDKTGAMLEE ESGISLHNST 101: IKLFLQQVKD GKWDQSVKTL HRIGFPDEKA VKAASFLLLE QKFLEFLKVE KIADALRTLR NEMAPLRINT KRVHELASSL ISPSSFISHT TSTPGKESVN 201: SRSKVLEELQ TLLPASVIIP EKRLECLVEN SLHIQRDSCV FHNTLDSDLS LYSDHQCGKH QIPSQTAQIL ESHTDEVWFL QFSHNGKYLA SSSKDQTAII 301: WEISADGHIS LKHTLVGHHK PVIAILWSPD DRQVLTCGAE EVIRRWDVDS GDCVHMYEKG GISPISCGWY PDGQGIIAGM TDRSICMWDL DGREKECWKG 401: QRTQKVSDIA MTDDGKWLVS VCKDSVISLF DREATVERLI EEEDMITSFS LSNDNKYILV NLLNQEIRLW NIEGDPKIVS RYKGHKRSRF IIRSCFGGYK 501: QAFIASGSED SQVYIWHRST GKLIVELPGH AGAVNCVSWS PTNLHMLASA SDDGTIRIWG LDRINQQNQK KKLVQGSSSN GVIHRCNGN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)