AT4G34570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : thymidylate synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a bifunctional dihydrofolate reductase - thymidylate synthase gene. This is unique in Arabidopsis and protozoa. Other organisms have independent genes for this function. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thymidylate synthase 2 (THY-2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thymidylate synthase, active site (InterPro:IPR020940), Dihydrofolate reductase domain (InterPro:IPR001796), Dihydrofolate reductase conserved site (InterPro:IPR017925), Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase (InterPro:IPR012262), Thymidylate synthase (InterPro:IPR000398); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: thymidylate synthase 1 (TAIR:AT2G16370.1); Has 13567 Blast hits to 13544 proteins in 2627 species: Archae - 73; Bacteria - 8801; Metazoa - 517; Fungi - 428; Plants - 92; Viruses - 256; Other Eukaryotes - 3400 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16511129..16514110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63212.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 565 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRCLQNSAKT LPLAFKSALL PLSQRWFCKF SPKPSSLTNI FKVSISTMAN TLNGNVIMTS KPQSTYQVVV AATKEMGIGK DGKLPWNLPT DLKFFKDLTL 101: STSDSAKKNA VVMGRKTWES IPKKYRPLSG RLNVVLSRSS GFDIANTENV VTCSSIDSAL DLLAAPPFSL SIEKVFVIGG GDILREALNK PSCEAIHITE 201: IDTSIDCDTF IPTVDTSAYQ PWCSSFPICE NGLRFSFTTH VRVKSSSAGE ASDESDGSKV LQVDWKKFSS VLPKMIFDRH EEYLYLNLVK EIISNGNLKD 301: DRTGTGTLSK FGCQMKFNLR RNFPLLTTKR VFWRGVVEEL LWFISGSTNA KVLQEKGIRI WDGNASRAYL DGIGLTEREE GDLGPVYGFQ WRHFGAKYTD 401: MHADYTGQGF DQLLDVINKI KNNPDDRRII MSAWNPSDLK LMALPPCHMF AQFYVANGEL SCQMYQRSAD MGLGVPFNIA SYSLLTCILA HVCDLVPGDF 501: IHVIGDAHVY KNHVRPLQEQ LENPPKPFPV LKINPEKKDI DSFVADDFEL IGYDPHKKID MKMAV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)