AT3G21820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone-lysine N-methyltransferase ATXR2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
histone-lysine N-methyltransferase ATXR2 (ATXR2); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, MYND-type (InterPro:IPR002893), SET domain (InterPro:IPR001214); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SET domain group 37 (TAIR:AT2G17900.1); Has 1293 Blast hits to 1280 proteins in 202 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 376; Fungi - 353; Plants - 295; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 265 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7688629..7691444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52805.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 473 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSVYKTDEN FAADVAALLA PLPTPQLQEY FNKLITSRRC NGIEVKNNGT IGKGVYANSE FDEDELILKD EILVGIQHSS NKVDCLVCSF CFRFIGSIEK 101: QIGRKLYFKN LGVSGCCDDD SSEEDECVKY NGNEEQCGGS SSSHNTLPEG VVSSLMNGEM ALPHTDKFPL PSPLSCPGGC QEAFYCSESC AAADWESSHS 201: LLCTGERSES ISREALGEFI KHANDTNDIF LLAAKAIAFT ILRYRKLKAE HVDKKAKQSE PKQSLLLEAW KPVSIGYKRR WWDCIALPDD VDPTDEGAFR 301: MQIKNLACTS LELLKIAIFD KECEALFSLE IYGNIIGMFE LNNLDLVVAS PVEDYFLYID DLPDAEKEET EEITRPFLDA LGDEYSDCCQ GTAFFPLQSC 401: MNHSCCPNAK AFKREEDRDG QAVIIALRRI SKNEEVTISY IDEELPYKER QALLADYGFS CKCSKCLEDS SSI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)