AT1G80560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : isopropylmalate dehydrogenase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The AtIMD2 is one out of 3 genes encoding the enzyme 3-isopropylmalate dehydrogenase involved in leucine biosynthesis in Arabidopsis. Its subcellular location has been targeted to plastids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isopropylmalate dehydrogenase 2 (IMD2); FUNCTIONS IN: 3-isopropylmalate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: leucine biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma, plastid, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR004429), Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR001804), Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR019818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isopropylmalate dehydrogenase 3 (TAIR:AT1G31180.1); Has 15265 Blast hits to 15265 proteins in 2613 species: Archae - 395; Bacteria - 8292; Metazoa - 578; Fungi - 832; Plants - 243; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4925 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:30287833..30290126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43373.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 405 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAALQTNIR TVKVPATFRA VSKQSLAPFR VRCAVASPGK KRYTITLLPG DGIGPEVVSI AKNVLQQAGS LEGVEFNFRE MPIGGAALDL VGVPLPEETI 101: SAAKESDAVL LGAIGGYKWD NNEKHLRPEK GLLQIRAALK VFANLRPATV LPQLVDASTL KREVAEGVDL MVVRELTGGI YFGEPRGIKT NENGEEVGFN 201: TEVYAAHEID RIARVAFETA RKRRGKLCSV DKANVLEASI LWRKRVTALA SEYPDVELSH MYVDNAAMQL VRDPKQFDTI VTNNIFGDIL SDEASMITGS 301: IGMLPSASLS DSGPGLFEPI HGSAPDIAGQ DKANPLATIL SAAMLLKYGL GEEKAAKRIE DAVLVALNNG FRTGDIYSAG TKLVGCKEMG EEVLKSVDSQ 401: VPASV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)