AT4G30160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.971 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : villin 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis thaliana VILLIN4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
villin 4 (VLN4); FUNCTIONS IN: actin binding; INVOLVED IN: cytoskeleton organization; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Gelsolin (InterPro:IPR007122), Villin headpiece (InterPro:IPR003128), Gelsolin domain (InterPro:IPR007123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: villin, putative (TAIR:AT5G57320.1); Has 3425 Blast hits to 2326 proteins in 232 species: Archae - 0; Bacteria - 22; Metazoa - 2546; Fungi - 193; Plants - 266; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 398 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14754528..14759511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 109333.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 974 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVSMRDLDP AFQGAGQKAG IEIWRIENFI PTPIPKSSIG KFFTGDSYIV LKTTALKTGA LRHDIHYWLG KDTSQDEAGT AAVKTVELDA ALGGRAVQYR 101: EVQGHETEKF LSYFKPCIIP QEGGVASGFK HVVAEEHITR LFVCRGKHVV HVKEVPFARS SLNHDDIYIL DTKSKIFQFN GSNSSIQERA KALEVVQYIK 201: DTYHDGTCEV ATVEDGKLMA DADSGEFWGF FGGFAPLPRK TANDEDKTYN SDITRLFCVE KGQANPVEGD TLKREMLDTN KCYILDCGIE VFVWMGRTTS 301: LDDRKIASKA AEEMIRSSER PKSQMIRIIE GFETVPFRSK FESWTQETNT TVSEDGRGRV AALLQRQGVN VRGLMKAAPP KEEPQVFIDC TGNLQVWRVN 401: GQAKTLLQAA DHSKFYSGDC YVFQYSYPGE EKEEVLIGTW FGKQSVEEER GSAVSMASKM VESMKFVPAQ ARIYEGKEPI QFFVIMQSFI VFKGGISSGY 501: KKYIAEKEVD DDTYNENGVA LFRIQGSGPE NMQAIQVDPV AASLNSSYYY ILHNDSSVFT WAGNLSTATD QELAERQLDL IKPNQQSRAQ KEGSESEQFW 601: ELLGGKAEYS SQKLTKEPER DPHLFSCTFT KEVLKVTEIY NFTQDDLMTE DIFIIDCHSE IFVWVGQEVV PKNKLLALTI GEKFIEKDSL LEKLSPEAPI 701: YVIMEGGEPS FFTRFFTSWD SSKSAMHGNS FQRKLKIVKN GGTPVADKPK RRTPASYGGR ASVPDKSQQR SRSMSFSPDR VRVRGRSPAF NALAATFESQ 801: NARNLSTPPP VVRKLYPRSV TPDSSKFAPA PKSSAIASRS ALFEKIPPQE PSIPKPVKAS PKTPESPAPE SNSKEQEEKK ENDKEEGSMS SRIESLTIQE 901: DAKEGVEDEE DLPAHPYDRL KTTSTDPVSD IDVTRREAYL SSEEFKEKFG MTKEAFYKLP KWKQNKFKMA VQLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)