AT4G29800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.641 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PATATIN-like protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PATATIN-like protein 8 (PLP8); INVOLVED IN: metabolic process, lipid metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: sperm cell, hypocotyl, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (InterPro:IPR016035), Patatin (InterPro:IPR002641); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: patatin-like protein 6 (TAIR:AT3G54950.1); Has 1056 Blast hits to 1054 proteins in 201 species: Archae - 0; Bacteria - 296; Metazoa - 30; Fungi - 46; Plants - 580; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 104 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14590862..14592536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56964.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 525 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNRRYEKPPP LSVSSKGKKK HFVNHTAPNT PGNYERTQTS PTLSTARSHE PDDKLNYEIF SILESKFLFG YEDPRLLWIP QSPLRPGDSE AGPSPRSPLT 101: PNGVVLPGTP SSSFRSPRGR ICVLSIDGGG MRGLLAGKSL IYLEQMLKEK SGDPNARIAD YFDVAAGSGV GGVFAAMIFA TRDGNRPIFK AEDTWKFLVE 201: NAEGFYRSGS GSGGGGAGAA IKRVIRSGSG SGSSSVTAAT AKLEKAMKAS FADLTLKDTL KPILISCYDL SSTAPFLFSR ADALESDSFD FRLRDICRAT 301: WAEPGTFDPV RTCSVDGKTR CVAVGGGLAM SNPTAAAITH VFHNKQEFPA VKGVEDLLVL SLGTGQLFEV NYDYEQVKNW RVKEWARPMA RISGDGSAEF 401: VDQAVAMGFG PYRSSNYVRI QANGSRLGAC GPNVDTDPRA ENVKKLTEIA DEMLKQNNVE SVLFGSKRIG EMSNSEKIEW FASELVIEQQ RRSVRASPTV 501: TLKQAVSKTN RNAINATLTL ISKDR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)