AT4G25700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-hydroxylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Converts beta-carotene to zeaxanthin via cryptoxanthin. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-hydroxylase 1 (BETA-OHASE 1); FUNCTIONS IN: carotene beta-ring hydroxylase activity; INVOLVED IN: xanthophyll biosynthetic process, carotene metabolic process; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid hydroxylase (InterPro:IPR006694); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-carotene hydroxylase 2 (TAIR:AT5G52570.1); Has 865 Blast hits to 862 proteins in 172 species: Archae - 20; Bacteria - 141; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 524; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 180 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13094142..13095866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34363.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAGLSTAVT FKPLHRSFSS SSTDFRLRLP KSLSGFSPSL RFKRFSVCYV VEERRQNSPI ENDERPESTS STNAIDAEYL ALRLAEKLER KKSERSTYLI 101: AAMLSSFGIT SMAVMAVYYR FSWQMEGGEI SMLEMFGTFA LSVGAAVGME FWARWAHRAL WHASLWNMHE SHHKPREGPF ELNDVFAIVN AGPAIGLLSY 201: GFFNKGLVPG LCFGAGLGIT VFGIAYMFVH DGLVHKRFPV GPIADVPYLR KVAAAHQLHH TDKFNGVPYG LFLGPKELEE VGGNEELDKE ISRRIKSYKK 301: ASGSGSSSSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)