AT4G25530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FLOWERING WAGENINGEN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeodomain-containing transcription factor that controls flowering. FWA is silenced in wild type plants and reverse of the imprinted silencing causes a late flowering phenotype. FWA gene contains two tandem repeats around the transcription start site that are necessary and sufficient for silencing via DNA methylation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FLOWERING WAGENINGEN (FWA); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Lipid-binding START (InterPro:IPR002913), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeodomain GLABROUS 7 (TAIR:AT5G52170.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13039312..13042242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76257.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 686 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGQGDLDAV GNIPKPGEAE GDEIDMINDM SGVNDQDGGR MRRTHRRTAY QTQELENFYM ENPHPTEEQR YELGQRLNMG VNQVKNWFQN KRNLEKINND 101: HLENVTLREE HDRLLATQDQ LRSAMLRSLC NICGKATNCG DTEYEVQKLM AENANLEREI DQFNSRYLSH PKQRMVSTSE QAPSSSSNPG INATPVLDFS 201: GGTRTSEKET SIFLNLAITA LRELITLGEV DCPFWMIDPI VRSKGVSKIY EKYRSSFNNV TKPPGQIVEA SRAKGLVPMT CVTLVKTLMD TGKWVNVFAP 301: IVPVASTHKV LSTGSGGTKS GSLQQIQAEF QVISPLVPKR KVTFIRYCKE IRQGLWVVVD VTPTQNPTLL PYGCSKRLPS GLIIDDLSNG YSQVTWIEQA 401: EYNESHIHQL YQPLIGYGIG LGAKRWLATL QRHCESLSTL SSTNLTEISP GLSAKGATEI VKLAQRMTLN YYRGITSPSV DKWQKIQVEN VAQNMSFMIR 501: KNVNEPGELT GIVLSASTSV WLPVNQHTLF AFISHLSFRH EWDILTNDTT MEETIRIQKA KRHGNIISLL KIVNNGMLVL QEIWNDASGA MVVYAPVETN 601: SIELVKRGEN SDSVKFLPSG FSIVPDGVNG SYHRGNTGGG CLLTFGLQIL VGINPTAALI QGTVKSVETL MAHTIVKIKS ALDLQT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)