AT4G22670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HSP70-interacting protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HSP70-interacting protein 1 (HIP1); FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock chaperonin-binding (InterPro:IPR006636), Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tetraticopeptide domain-containing thioredoxin (TAIR:AT3G17880.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11918236..11920671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46624.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 441 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSTKLSELK VFIDQCKSDP SLLTTPSLSF FRDYLESLGA KIPTGVHEED KDTKPRSFVV EESDDDMDET EEVKPKVEEE EEEDEIVESD VELEGDTVEP 101: DNDPPQKMGD SSVEVTDENR EAAQEAKGKA MEALSEGNFD EAIEHLTRAI TLNPTSAIMY GNRASVYIKL KKPNAAIRDA NAALEINPDS AKGYKSRGMA 201: RAMLGEWAEA AKDLHLASTI DYDEEISAVL KKVEPNAHKL EEHRRKYDRL RKEREDKKAE RDRLRRRAEA QAAYDKAKKE EQSSSSRPSG GGFPGGMPGG 301: FPGGMPGGFP GGMGGMPGGF PGGMGGMGGM PGGFPGGMGG GMPAGMGGGM PGMGGGMPAG MGGGGMPGAG GGMPGGGGMP GGMDFSKILN DPELMTAFSD 401: PEVMAALQDV MKNPANLAKH QANPKVAPVI AKMMGKFAGP Q |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)