AT4G22120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ERD (early-responsive to dehydration stress) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ERD (early-responsive to dehydration stress) family protein; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF221 (InterPro:IPR003864); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ERD (early-responsive to dehydration stress) family protein (TAIR:AT4G04340.1); Has 1475 Blast hits to 1296 proteins in 202 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 185; Fungi - 716; Plants - 435; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 139 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11715976..11719144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87898.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 771 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATLQDIGVS AGINILSAFV FFIIFAVLRL QPFNDRVYFS KWYLKGLRSS PARGGAFAQR FVNLDFRSYM KFLNWMPEAL KMPEPELIDH AGLDSVVYLR 101: IYWLGLKIFT PIAVLAWAVL VPVNWTNNTL EMAKQLRNVT SSDIDKLSVS NIPEYSMRFW THIVMAYAFT IWTCYVLMKE YETIANMRLQ FVASEARRPD 201: QFTVLVRNVP PDADESVSEL VEHFFLVNHP DHYLTHQVVC NANKLADLVK KKKKLQNWLD YYQLKYARNN SQRIMVKLGF LGLWGQKVDA IEHYIAEIDK 301: ISKEISKERE EVVNDPKAIM PAAFVSFKTR WAAAVCAQTQ QTRNPTQWLT EWAPEPRDVF WSNLAIPYVS LTVRRLIMHV AFFFLTFFFI VPIAFVQSLA 401: TIEGIVKAAP FLKFIVDDKF MKSVIQGFLP GIALKLFLAF LPSILMIMSK FEGFTSISSL ERRAAFRYYI FNLVNVFLAS VIAGAAFEQL NSFLNQSANQ 501: IPKTIGVAIP MKATFFITYI MVDGWAGVAG EILMLKPLIM FHLKNAFLVK TDKDREEAMD PGSIGFNTGE PRIQLYFLLG LVYAPVTPML LPFILVFFAL 601: AYIVYRHQII NVYNQEYESA AAFWPDVHGR VIAALVISQL LLMGLLGTKH AALAAPFLIA LPVLTIGFHH FCKGRYEPAF IRYPLQEAMM KDTLETAREP 701: NLNLKGYLQN AYVHPVFKGD EDDYDIDDKL GKFEDEAIIV PTKRQSRRNT PAPSIISGDD SPSLPFSGKL V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)