AT4G20930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 6-phosphogluconate dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
6-phosphogluconate dehydrogenase family protein; FUNCTIONS IN: in 7 functions; INVOLVED IN: oxidation reduction, pentose-phosphate shunt, valine metabolic process, valine catabolic process, metabolic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding (InterPro:IPR006115), 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like (InterPro:IPR008927), Dehydrogenase, multihelical (InterPro:IPR013328), 3-hydroxyacid dehydrogenase/reductase (InterPro:IPR015815), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (InterPro:IPR011548), 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site (InterPro:IPR002204); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glyoxylate reductase 2 (TAIR:AT1G17650.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11198627..11201036 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37366.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 347 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIRRAQTLL CLSKFKTNFV SGSLHRFSSS SQNSNQFQNV GFIGLGNMGF RMVNNLIRAG YKVTVHDINR DVMKMFTEMG VSSRETPYEV AQDSEVVITM 101: LPSSSHVMDV YTGTNGLLLG ENDIRPALFI DSSTIDPQTT RKISLAVSNC NLKEKRDNWE KPVMLDAPVS GGVLAAEAGT LTFMVGGPED AYLAARPILQ 201: SMGRTSIYCG GSGNGSAAKI CNNLAMAVSM LGTSEALALG QSLGISASTL TEVLNTSSGR CWSSDAYNPV PGVMKGVPSS RDYNGGFASK LMAKDLNLAA 301: ASAEEVGHKS PLISKAQEIY KKMCEEGHET KDFSCVFRHF YNGKDEV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)