AT4G14400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.988 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ankyrin repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a novel protein with putative ankyrin and transmembrane regions. It is a member of one of the largest uncharacterized gene families in higher plants. The gene is involved in resistance to Pseudomonas syringae. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ACCELERATED CELL DEATH 6 (ACD6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ankyrin repeat family protein (TAIR:AT4G14390.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8294668..8298360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73530.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 670 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSSGADLDR IEAQRSMLVS HDQRKDFSHS GGVGTTSPTG DTEPVPKFRT NLKLSDLFAL PGEDVEMTPE IFGGMSNGEK ECLEKLRSNG TPMERVKSNT 101: GDSILHIAAK WGHLELVKEI IFECPCLLFE QNSSRQTPLH VATHGGHTKV VEALVASVTS ALASLSTEES EGLNPHVLKD EDGNTALYYA IEGRYLEMAT 201: CLVNADKDAP FLGNNKGISS LYEAVDAGNK FEDLVKAILK TTDDNVDREV RKFNLDSKLQ GNKHLAHVAL KAKSIGVLDV ILDEYPSLMD EQDEDGRTCL 301: SYGASIGYYK GLCNILNRST KGVYVCDQDG SFPIHSAAKN EHYEIIKEFI KRCPASKYLL NRLGQNILHV AAKNEASLTA YMLMHDKDTK HLGVGQDVDG 401: NTPLHLAVMN WDFDSITCLA SRNHEILKLR NKSGLRARDI AESEVKPNYI FHERWTLALL LYAIHSSGFE SVKSLTIQSV PLDPKKNRHY VNALLVVAAL 501: VATVTFAAGF TIPGGYISDS KKPNLGRATL ATNPTLFIFL LFDILAMQSS VATICTLIWA QLGDLALILK SLHVALPLLL FSLLCMPVAF LFGVITAIAH 601: VKWLLVTISI ISGGFFLFAI FILGPHVMLQ RSHLPPSSGI FLKTFMLTID ISELFVILIK ACFGCVACSE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)